丽水市公安局莲都区分局前身为丽水县人民政府公安局，组建于1949年7月。1955年10月1日改称丽水县公安局。1986年4月，丽水撤县设市，改称丽水市公安局。2000年7月，丽水撤市设区，同年7月20日，丽水市公安局莲都区分局挂牌成立。 

2014年，分局体制划转至市局，财政由区里保障。目前，分局共有民警、职工411人，其中民警数405人、公务员2人、职工4人，事业编职工8人，辅助警务人员625人。全局现有内设机构38个，其中23个部门、15个派出所（含水上所、车站所、天宁所3个专业派出所，黄村所、峰源所、太平所3个合署派出所）；现有局党委班子成员9人，副科级以上干部33人，股级干部112人。 

近年来，分局在区委、区政府和上级公安机关的坚强领导下，紧紧围绕新时代公安工作总要求，坚持以“绿色警务、护航‘两山’，红色铁军、挺进长安”工作主题为引领，着力打造“红色战斗铁军、绿色生态治安”新时代公安工作的“莲都样板”。2019年，分局在圆满完成七十周年大庆安保工作的基础上，助推党委政府夺取了“一星平安金鼎”“全国综治优秀市”“全国文明城市”等多项荣誉；并先后荣获“省级服务保障G20先进集体”“党的十九大维稳安保工作突出贡献先进集体”“全省公安基层基础和治安防控工作优秀公安局”“全省公安机关队伍正规化建设优秀单位”“丽水市模范集体”等称号；分别被省人民政府、公安部荣记集体一等功，被市委、市政府授予集体二等功，被省公安厅授予集体二等功，以及多次获市、区两级人民政府表彰，荣立集体三等功。同时，分局创新推出“一格（村）两警长制”“莲警驿站”“每案必研侦”“三项制度”“莲都公安五问”“红色六知党建”等新模式、新做法，多次获省、市、区党委政府和省厅、市局主要领导的批示肯定。